Asal-usul Aikido modern dapat di telusuri ke abad 9, pada jaman feodal di Jepang. Tehnik-tehnik ini adalah berawal dari Pangeran Teijun, anak ke 6 dari Kaisar Seiwa (850-880) dan diturunkan dari generasi ke generasi dari keluarga Minamoto. Pada waktu generasi berikutnya, teknik-teknik itu akhirnya diberikan pada Shinra Saburo Yoshimitsu, adik laki-laki Yishiie Minamoto. Yoshimitsu adalah seseorang yang mempunyai bakat dan kemampuan yang hebat. Konon sejarahnya berkata bahwa Yoshimitsu mengembangkan banyak teknik-tekniknya dengan mengawasi seekor laba-laba yang dengan ahlinya menjebak serangga yang besar ke dalam sarangnya yang halus. Kemudian Yoshimitsu menamai tehnik-tehnik temuannya dengan nama Daito-ryu Aikijutsu (diambil dari nama rumahnya “Daito Mansion” dan mengambil nama dari sistem Aikijutsu karena dasar dari tehnik ini adalah dari Aikijutsu).
Teknik Daito-ryu ini disampaikan secara rahasia kepada anggota-anggota keluarganya dan pembantu-pembantu, dimana akhirnya mencapai Sokaku Takeda (1859-1943), yang kemudian memainkan peran yang penting dari dasar-dasar Aikido yang modern. Sistem Daito-ryu yang diberikan kepada Sokaku Takeda, jelas berbeda dari yang diajarkan beribu-ribu tahun sebelumnya. Seni bela diri yang dipelajari oleh Takeda tidak diketahui kecuali bahwa latihannya dilakukan di Ono-Ha Itto-ryu Kenjutsu. Semua bukti-bukti mengarah kepada suatu kesimpulan bahwa seni Daito-ryu dari Takeda merupakan suatu perpaduan dari pengalamannya yang luas dalam memberikan pelatihan dan inovasi-inovasi teknis sebagaimana adanya mereka yang merupakan suatu kelanjutan tetap dari tradisi bela diri suku Aizu.

Salah satu murid Takeda adalah Morehei Ueshiba, yang merupakan penemu dari Aikido . Ueshiba yang dilahirkan pada tanggal 14 Desember 1882 bertemu dengan Takeda tahun 1915 setelah menghadiri suatu seminar selama 10 hari yang diadakan oleh Takeda. Ia sangat terkesan melihat teknik-teknik Takeda sehingga dia langsung mempelajari Daito-ryu. Sebagai tambahan, Ueshiba juga mempelajari Kito-ryu Jujitsu, Yagyu Shinkage-ryu Kenjutsu dan ilmu bela diri lainnya yang menggunakan tangan kosong atau senjata.
Ueshiba adalah orang yang juga mempelajari spiritual secara mendalam dan pengikut dari sekte Omotokyo dari agama Shinto. Karena itu pengembangan Aikido sangat dipengaruhi oleh kepercayaan sekte Omotokyo ini.Pada tahun 1931, Ueshiba mendirikan Kobukan dojo atau dojo “neraka”. Saat itu adalah ketika Ueshiba mencapai puncak kejayaan fisiknya. Salah satu dari murid-muridnya pada waktu itu adalah Gozo Shioda yang kemudian mendirikan Yoshinkan Aikido.Ueshiba sangat dihargai oleh ahli-ahli bela diri lainnya pada waktu itu termasuk Jigoro Kano (pendiri Judo) yang mengirim banyak murid-murid Judonya yang hebat untuk mempelajari Aikido. Termasuk dalam hal ini Kenji Tomiki, yang kemudian mengembangkan suatu olah raga dengan mengambil style Aikido-Tomiki dan Mochizuki Minoru yang membentuk Yoseikan Budo. Tahun 1942, Ueshiba pindah ke Iwama dimana Ia membuka sebuah dojo dan mendirikan tempat suci Aiki. Pada tahun 1945, Aikikai didirikan walaupun semua bentuk Budo telah dilarang setelah perang dunia ke dua. Pusat dojo Aikikai di dirikan di Tokyo walaupun Ueshiba tetap tinggal di dojo di Iwama. Dojo yang di Tokyo di urus oleh anaknya Kisshomaru (1921-1999) dan instruktur-instruktur utama lainnya Tohei Kohici yang kemudian membentuk Shin-shin Toitsu Aikido (lebih terkenal dengan nama Ki Society Aikido)

Pada tanggal 26 April 1969 , Sensei Morehei Ueshiba meninggal pada umur 86. Ueshiba Sensei telah meninggalkan teknik bela diri dan ajaran tentang spirit yang sekarang diajarkan di seluruh dunia.